O’zbekiston mustaqil Respublika deb e’lon qilingandan keyin mamlakatda Prezident I.A.Karimov rahbarligida amalga oshirilgan xayrli ishlardan biri chor va sovet mustamlakachiligi yillarida begunoh qurbon bo’lgan, o’tgan asrning 30-50-yillarida “xalq dushmani” sifatida qatag’on etilgan va shu sababli nomlari o’zbek xalqi hamda madaniyati tarixidan o’chirib yuborilgan siymolar xotirasini abadiylashtirish orqali tarixiy adolatni tiklash bo’ldi.
Respublika Prezidentining 1999-yil 12-mayda imzo chekkan Farmoyishiga ko’ra, Mustamlakachilik davri qurbonlari xotirasini abadiylashtirish komissiyasi tuzildi.
Shu yili iyul oyida hukumat qarori asosida “Shahidlar xotirasi” xayriya jamg’armasi tashkil etildi. Natijada bo’lg’usi muzeyning ko’rgazma vositalarini shakllantirish boshlandi.
2000-yil 12-may kuni Toshkentning Yunusobod tumanida barpo etilgan “Shahidlar xotirasi” yodgorlik majmuining tantanali suratda ochilishi mamlakat va xalqning ijtimoiy, madaniy va ma’naviy hayotida ulkan voqea bo’ldi, qisqa muddatda mazkur majmua tabarruk ziyoratgohlardan, yosh avlodlarni vatanparvarlik va millatparvarlik ruhida tarbiyalashga xizmat qiladigan maskanlardan biriga aylandi.
O’zbekiston Respublikasi Prezidenti I.A.Karimovning 2001-yil 1-may sanali “Qatag’on qurbonlarini yod etish kunini belgilash to'g’risida”gi Farmoni asosida “Shahidlar xotirasi” yodgorlik majmuida “Qatag’on qurbonlari xotirasi” muzeyi barpo etildi.
Muzey 2002-yil 31-avgustda – mamlakatda ilk bor nishonlangan “Qatag’on qurbonlarini yod etish kuni”da tantanali ravishda ochildi.
Yodgorlik majmui va muzey barpo etilgan joy XX asrning 20-yillaridan to Ikkinchi jahon urushi boshlanguniga qadar sovet davlatining jazo organlariga qatlgoh bo’lib xizmat qilgan. Toshkent shahrida otilgan qatag’on qurbonlari shu yerdagi uchta qatlgohga dafn etilganlar. Yodgorlik majmui ana shu sobiq uch qatlgoh hududlarini o’zaro birlashtirib turadi. Agar ramziy sag’ana yodgorlik majmuining memorial markazi hisoblansa, muzey binosi uning ma’rifiy markazi bo’lib xizmat qiladi.
Muzey binosi Bo’zsu bo’yida, bahavo joyda joylashgan bo’lib, bir qavatdan iborat, yerdan balandligi 20 m. Dastlabki bino bir gumbazli 400 m2hajimdagi yagona ekspozitsiya zalidan tashkil topgan. Bino atrofi 28 ta naqshinkor ustunlar ko’tarib turgan ayvondan iborat bo’lgan. Uning umumiy maydoni 784 m2 tashkil etgan. Bino o’zbek milliy me’morligi an’analari asosida qurilgan. Muzeyning birinchi ekspozitsiyasi 6 bo’limdan iborat bo’lgan.
2007-yilning 31-avgustida Prezident I.A.Karimovning muzeyga tashriflari chog’ida, ushbu muzey faoliyatini yanada takomillashtirish, qatag’on qurbonlari tarixi va achchiq qismatini yanada kengroq o’rganish va ask ettirish maqsadida unga qo’shimcha bino qurish haqida aytib o’tildi. Ajdodlarning an’analarini davom ettirish, hozirgi kunlarning qadriga yetishga, ekspozitsiyada nafaqat bugungi kun, balki kelajak uchun ham g’oyat muhim ahamiyatga ega bo’lgan hujjat va eksponatlarni ko’rsatilishi lozimligi ta’kidlandi. 2008-yil 5-may kuni davlat rahbarining “Qatag’on qurbonlari xotirasi” muzeyining faoliyatini yanada takomillashtirish to’g’risida”gi PQ-861-son Qarori qabul qilindi.
Mazkur Qaror ijrosi natijasida muzeyda katta o’zgarishlar amalga oshirildi.
Muzeyning qayta ta’mirlangan va kengaytirilgan binosi qo’sh gumbazli ekspozitsiya uchun mo’ljallangan 3 ta zaldan iborat inshoot bo’lib, atrofini o’yma naqshinkor ayvon o’rab turadi. Ayvonning to’rt tarafidan 42 ta milliy naqshlar o’yilgan, bo’yi 5 yarim metrli ustunlar ko’tarib turadi. Binoning ekspozitsiya zallarining maydoni 960 m2 tashkil etadi. Ayvon qismi 640 m2, yer to’lasi 1568 m2.
Muzey ekspozitsiyasi 10 ta bo’limdan iborat: “Qatag’on qurbonlari xotirasi” muzeyning yangi ekspozitsiyasini tashkil qilish jarayonida O’zR Fanlar akademiyasi, O’zR Arxiv agentligi, Kartografiya boshqarmasi, O’zbekiston matbuot agentligi, O’zbekiston milliy teleradiokompaniyasi, Madaniyat va sport ishlari vazirligi, O’zbekiston aloqa va axborotlashtirish agentligi, Vesmistr Universiteti, O’zbekiston Badiiy akademiyasi, Mudofaa vazirligi, “Sovplastital” korxonasi bilan hamkorlikda ish olib borildi. Shu bilan birgalikda Ichki ishlar vazirligi, Milliy Xavfsizlik xizmati, Oliy sud fondlarida saqlanayotgan hujjatlardan ekspozitsiyada foydalanish uchun olindi.
